除去伊地知重顺率领的九百岛津军，岛津忠恒身边仅剩四千三百余人，面对加藤清正的紧追不舍，岛津氏诸将奋力抵抗，赤塚真贤、有马纯房、池田貞秀及伊勢貞成等十余名家中重臣先后战死。
岛津忠恒得使番禀报后心痛不已，当即要求黑田如水亦要派家臣前去抵挡。如水早先便有两个弟弟以及“黑田二十四骑”中的多人遇难，身边所剩家臣及武士仅不足五十人，面对岛津忠恒这近乎让自己家臣送死的决定，如水终于狠下决心，率领家臣脱离岛津忠恒部，调头向杀红了眼的加藤清正投降。
加藤清正对麾下重臣、“加藤三杰”之一的森本一久早前死于黑田利则之手耿耿于怀，虽说黑田利则稍后便被清正麾下第一大将饭田直景讨取，但在一些重臣的唆使下，清正还是命人将黑田如水等人押往熊本城关押，待战后再送往大坂城问罪。
黑田如水虽没想到加藤清正会对自己这般不客气，但总好过为岛津家殉葬，因此他和家臣欣然接受了这一安排，被“加藤十六将”之一的加藤重次押解回熊本。
然而，这支仅百余人的小队行至三峰山时，恰好遇到从大友军正面突围的伊地知重顺部，加藤军随即与之展开激战，无奈敌众我寡，加藤军被岛津军打散，加藤重次随之败走，而黑田如水见势不妙也趁机家臣脱离战场，后来一路艰难跋涉，最终于二十九日抵达丰前马岳城，此处为“黑田二十四骑”之一的益田正亲负责防守，是立花宗茂南下前少有的几座未曾降服的黑田氏城池。
五月一日，也就是毛利辉元从大坂启程返回中国地方的同一天，如水收到黑田长政派人走水路送来的密信，得知八天前丰臣联军大败德川军，虽说德川家康仍有意开辟第二战场，重整旗鼓。但如水料得大势已定，岛津军战败也只是时间问题，自己在马岳城虽能暂避一时，但最终还是无法摆脱加藤清正的清算。
思忖许久，黑田如水突然灵机一动，决定趁秀保身在关东的空档，利用他与石田三成的嫌隙挽救黑田氏。一方面，他拒绝向加藤清正等尾张派大名投降，而是直接与刚刚恢复自由并主持大坂政务的石田三成取得联系，告知其自己将征伐毛利氏的中国领地，避免尾张派和秀保独霸战功，一家做大，希望秀保回京后他能从中周旋；另一方面，他调集并动员了丰前黑田氏所有城池中的农兵约一千二百人，于五月二日由门司港出发，登陆下关凑，开始了对毛利领的征伐。
由于毛利辉元征调了领内近乎所有兵力，加之德川军战败的消息经黑田氏的忍者散布中国地方，黑田军在登陆后的五天时间里如入无人之境，所到之处尽数开城降伏，沿山阳道推进过程中，胜山、岩国、银山、严岛、己斐诸城相继为黑田军攻克；五月七日，黑田军包围毛利氏居城广岛城，毛利元就时代的老臣、“毛利十六将”中仅存的一位重臣渡边飞驒守长率领三百人据城死守，后在得知毛利辉元也已撤军且抵达备后王子山城时，方才决定开城。
至此，黑田如水完成了对周防、安艺两国的压制，此后为避免与毛利辉元发生正面冲突，黑田军在抵达安艺、备后交界的高山城后停止进军，而毛利辉元所率领的两万毛利军也在五月九日抵达与高山城相邻的备后三原城。当晚，黑田如水前往三原城与毛利辉元会面，将九州战败之事如实相告，毛利辉元大惊，在黑田如水的劝说下，他决定停止西进，与如水一道，仅率数名家臣返回大坂城，先秀保一步与石田三成会面，试图依靠石田三成减轻即将面临的惩罚。
目光转回肥后八代城。
伊地知重顺击溃加藤重次的百人队后，继续往南追赶加藤清正，最终在八代城郊外与加藤军的殿后骑马队遭遇。赤星亲武率领的加藤骑马队素以坚韧善战著称，在他的指挥下，伊地知重顺率领的岛津军未能进一步威胁到加藤清正本队，反而在随后赶来的田原绍忍率领的大友军的夹攻下陷入苦战。特别是大友氏的老将宗像鎮续不顾断臂之痛，简单包扎后继续参战，更是激发了加藤、大友两军的斗志。
临近傍晚，伊地知重顺在率部突围失败后，被赤星亲武和田原绍忍合力讨取，八百岛津军也随即被消灭殆尽。此后不久，立花宗茂率部赶到，三家合兵七千，快马加鞭向南追赶加藤清正。
加藤军在追赶岛津忠恒时，虽然多次交战，但岛津军依靠灵活的战术和对地形的了解，总能在关键时刻摆脱加藤清正的猛攻，直到追击至八代城城下町，加藤军仍未对岛津军造成致命一击。鉴于天色已晚，加藤清正不得不下令大军撤出城下町，在城外驻扎，而岛津忠恒则死里逃生，率领三千七百人进驻八代城。
随着立花、大友两家军势的赶到，丰臣联军达到一万五千余人，加藤清正当即决定放火烧毁城下町，并对八代城进行包围。而岛津忠恒则是一副宁死不降的态度，试图依靠坚固的城池抵御丰臣军的进攻，同时等待会津方面的消息。
然而，就在这天夜里，一支由三百余艘战船组成的庞大水军，绕过萨摩国最南端的长崎鼻，对鹿儿岛湾入口的鱼见岳、林知岛、松尾城展开炮轰。不到半个时辰，林知岛上的岛津军便宣布投降，紧接着，一万人的庞大军势在鱼见岳、宿立城一线登陆，随即在数十门南蛮大筒的配合下，攻克负责镇守鹿儿岛湾的松尾城，三百岛津军阵亡，城主伊地知重政（伊地知重顺生父）切腹自尽。大军马不停蹄地沿着颖洼街道向北直扑鹿儿岛城。
与此同时，水军继续深入鹿儿岛湾，抵达鹿儿岛城与樱岛之间的锦江湾。在船载大筒的掩护下，又有一万二千人在鹿儿岛港登陆。截至凌晨三时，两路大军在鹿儿岛城下町会师，彻底完成对鹿儿岛城的包围。
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