丁雨生革职以后，为摆脱生活困境，浪迹九江、上海、扬州，甚至溯运河北上安徽、山东，四处寻找职业，尽皆碰壁，最后决心回故乡，再过郎中生活。当回程至九江时，见大江南北人才荟萃。原来是两江总督曾伯函在此招揽各方人才，欲图与长毛乱军抗衡。丁雨生大喜，即寻一旅馆住下，根据自己这几个月流浪生涯中对长毛乱军的考察了解，着意制订了一份进军安庆的方略，然后到总督衙门投呈。时曾伯函正思进取安庆，见丁雨生呈文计划周详，别有见解，不禁心喜，即召丁雨生晋见。丁雨生侃侃而谈，对长毛乱军军力和长江沿线布防情况进行了详细的分析。曾伯函见丁雨生诸事留心，思维周密，不知他文才如何，便又邀入公馆花园散步。询问惠嘉潮各地风土民情后，两人来到一株灿放的梅花树边。曾伯函指着梅花道：“丁县令能否以此为题，作诗一首？”丁雨生道：“勉力为之。”略作思考后，落笔写道：“江南一树梅花发，一树梅花发石岩；花发石岩流水响，石岩流水响潺潺。潺潺滴滴云烟起，滴滴云烟起半山；烟起半山春汛到，半山春汛到江南。”曾伯函看后赞道：“诗绝妙，书法亦上佳。”当日，曾伯函即委丁雨生为九江关卡卡员，并奏请朝廷，于大乾彤郅元年（9062）十一月开复了丁雨生原来的官职。嗣后不久，丁雨生到广东会办厘务，曾伯函赞为“廉正明干”、“才识宏远”。彤郅二年三月，两广总督毛鸿宾委派丁雨生到广东高州县督办火器。丁雨生请同乡黄达权翻译《火器略说》和绘制制作图案，在广州市郊燕塘设立制炮局，很快即制出火炮36尊，炮弹2000多发。这些军火运到安徽为淮军使用，帮了淮军将领李绍泉的大忙。
彤郅三年五月，江苏巡抚李绍泉奏调丁雨生到上海筹办洋务。丁雨生甫到上海，便协助李绍泉解决了“常胜军”裁撤问题，“常胜军”按期裁遣后，李绍泉对丁雨生的能力备加赞赏，并上奏朝廷，委丁雨生为苏、淞、太道，并要他创办江南机器制造总局。丁雨生买下美商旗记铁厂，合并上海、苏州两个制炮局，顺利创建了当时中土最大的枪炮厂——江南机器制造总局，再次显示了过人的能力。
彤郅六年夏秋之交，江苏境内风雨大作，清水河洪水滔滔滚滚，冲决了堤坝，淹没了大量田庄。时丁雨生在两淮盐运使任上，受江苏巡抚李绍泉委任前往治理。沿途只见生灵涂炭，哀鸿遍野。丁雨生心急如焚，行装甫卸即率各级官吏督修堤坝，并亲自担石填堤。然而，在湍急的洪流中，投下的石块泥沙多被冲走，收效甚微。丁雨生眉头紧锁，苦苦思索，想到一法，叫人砍来大批青竹，编成一个个肚大口小的箩筐，然后将沙石装入其中，再加投掷。此举果然奏效，不旬日间，堵住了决口。而后，丁雨生督率民役，昼夜奋战，筑起了坚固的堤坝。后来，当地群众称这道堤为“丁公堤”，纪念丁雨生的功绩。
彤郅六年十二月，丁雨生升任江苏巡抚。当时官场多为贪婪庸碌者充斥，吏治一片黑暗。丁雨生为自勉及训诫各级官吏，作一楹联贴于抚衙朱红大柱上。联云：“官须呵出，干来若处处瞻顾因循，纵免刑章终造孽；民要持平，看去使个个流离颠沛，忍将膏血入私囊。”丁雨生主政江苏两年多时间，励精图治，仅清理积案就达27万多宗。朝廷为之诏示各省，以丁雨生为勤政榜样。
事实上，林义哲和丁雨生的交集，很早就开始了，尽管二人以前并未谋面。
二人的第一次交集，是在天津教案期间。津案发生后，朝廷谕示直隶总督曾伯函办理。但是法国方面狮子大开口，以至案件迁延不决。朝廷谕令丁雨生星速赴津，帮同办理。丁雨生于七月二十五日到达天津后，进行了深入调查，在同法国方面交涉时，丁雨生一再指出法国驻天津领事丰大业开枪致使民情激愤，要求法国方面逮捕丰大业治罪；至于焚毁教堂等建筑及误伤无辜，亦属事出有因，除严办下手之人外，损毁建筑由总理衙门与各国协商赔款，误伤者后事由大乾协助办理。法国公使等在确凿的人证物证面前，无可奈何，法国皇帝拿破仑三世得知后下令逮捕了丰大业。天津教案后来在林义哲的暗中斡旋下得以顺利解决，而在教案交涉期间，曾伯函心力交瘁，都是由丁雨生出面交涉，教案的解决，丁雨生其实也是出了不少力的。
在天津教案顺利了结后，丁雨生深深的感到，积弱的中土，欲图强盛，必须把造就人才作为第一要务。逗留天津期间，多次向曾伯函进言，鼓动曾伯函上奏朝廷派遣学生公费出国留学，得到了曾伯函的赞同。加之林义哲和李绍泉的助推，曾伯函的力奏得到了朝廷的允准，外派官学生留学终于得以实现。是为二人第二次交集。
彤郅九年，丁雨生经深思熟虑后，上《条议海防》奏折，提出《海洋水师章程》，建议设立北洋、东洋、南洋水师，大力鼓吹洋务，深得朝廷嘉许，所提建议多为采纳实施。但如此一来，丁雨生却受到了保守顽固派的忌恨，虽然他能力出众，清正廉明，勤政爱民，但却被清流党骂为“鬼奴”，每当朝廷要升他的官时，总会有人跳出来阻挠，象这一次他本来是要由江苏巡抚转为福建巡抚兼总理船政大臣的，但因为清流党参劾他“结党营私”，结果只以巡抚衔担任了总理船政大臣。
“他们越是提这夷夏之防，我便越是要破了他们这个身之根本，为洋务之兴扫平道路。”林义哲道，“那些奸佞宵小，自有收拾他们的人，益盛兄不必理会。我等实心任事，干出一番经天纬地的事业出来，无愧于天地良心即可。”
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