楚文王大怒，杀了弃城逃跑的阎敖，结果其族人不服，纷纷作『乱』。当年冬季，巴国乘楚国内『乱』，再次出兵攻伐楚国。楚文王亲自率军抵御巴军，结果仓促出战大败于长江渡口（今湖北省枝江县北），只得领着败军回国。
然而根据楚国的传统法令，败军一律不得入城，因此郢都大阍鬻拳拒绝开城门，不让打了败仗的楚文王入郢都。楚文王不得已，只好转兵回攻位于淮河上游的嬴姓黄国，在踖陵（今河南信阳潢川）击败了黄国军队，这样就可以回国进城了。不料楚军行至湫地（今湖北襄樊老河口），楚文王就因嚼食“昌歜”过量，累积中毒暴病而亡，鬻拳闻知消息后也『自杀』殉葬。
巴国和楚国从此关系开始恶化，这次战争在《左传》和《华阳国志》均有记载。
巴、楚、秦灭庸之战
鲁庄公十八年（公元前676年），巴伐楚，克之。
公元前632年，晋秦联军在城濮之战大败楚军后，巴国向秦国致贡，后又和楚修好。
楚庄王三年（公元前611年）巴与楚、秦国联手灭掉了位于鄂西（湖北省竹山县）的庸国。巴人从楚师灭庸国并分得庸国之鱼邑（重庆奉节县、巫山县一带），之后便被楚国『逼』入长江三峡，进入重庆和川东地区。
楚惠王十二年（公元前477年）巴人再次伐楚，包围了楚国的鄾邑（湖北省襄阳市），【3】同年三月，楚国派出了三位能干的将领公孙宁、吴由于、薳固在鄾地击败了巴国军队。【4】巴国损失惨重而国力大衰，退出汉水流域。
战国时期
春秋末战国初巴国从汉水流域进入长江上游地区后，西与蜀国为邻，先后在长江和嘉陵江一线建了五座都城，即有名的巴子五都，由此引致“巴蜀世战争”。
到战国《华阳国志·巴志》说：“七国称王，巴亦称王。”“其地东至鱼复，西至僰道，北接汉中，南及黔涪。”
战国中叶以后，楚国向巴国大举进攻，开始了经营西南的事业。楚国不断向西进『逼』，巴国步步败退，接连丧失了大片领土，长江一线也被迫退守鱼复。《华阳国志·巴志》介绍巴郡时言：“巴楚数相攻伐，故置扞关、阳关及沔关。”可见巴郡有三处关卡，都为巴人防御楚国而设。
巴国内『乱』（公元前377年以前）《华阳国志·巴志》记载:“周之季世，巴国有『乱』，将军有巴蔓子请师于楚，许以三城。楚王救巴。巴国既宁，楚使请城。蔓子曰:‘藉楚之灵，克弥祸难。诚许楚王城，将吾头往谢之，城不可得也。’乃自刎，以头授使。（楚）王叹曰:‘使吾得臣若巴蔓子，用城何为?’乃以上卿礼葬其头；巴国葬其身，亦以上卿礼。”
据传许割三域之中包括有鱼邑（重庆奉节、重庆巫溪）、巫邑（今重庆巫山），正是宝源山盐泉所在之地，这是巴国经济命脉之所在，故蔓子宁愿舍弃自己的头颅，也要力保这些地方不致丢失于楚，足见其忠于巴国热爱巴国之心。但借兵这件事无疑暴『露』了巴国的虚弱，刺激了楚国的贪欲，于是楚国向西进兵，首先攻占夷水——清江流域，夺取了巴国“盐水”，从而占据巴国第一道盐泉。
楚肃王四年（公元前377年）蜀国伐楚取兹方（湖北省松滋市）。（即《楚世家》：肃王四年，蜀伐楚，取兹方，于是楚为扞关以距之；《六国年表》：蜀伐我兹方。）蜀国东，为巴国之地，何能越过巴国伐楚国？实则，这个时期的巴国对楚、蜀两国两线作战，节节败退，蜀国控制了巴的部分土地，并自巴地出发伐楚。《蜀王本纪》载:“蜀王据有巴蜀之地。”但楚国很快发动反击击败蜀军，楚国吸取了清江不设防而成为伐楚通道的教训，于是在清江筑扞关以保卫楚国在清江的既得利益——盐水泉盐。【5】
楚宣王九年（公元前361年）巴国南部江山——黔中之地（重庆涪陵区、重庆黔江区）被楚国攻占。楚师进攻方向很明确，就是冲着巴国第二大盐泉来的，因此，攻占巴国黔中之地，也就意味着完全占有伏牛山盐泉。《史记·秦本纪》载:“（秦）孝公元年，楚自汉中，南有巴黔中。”巴国第二道盐泉盐水泉盐产地丢失，巴国在经济上遭受沉重打击，国力更加不振，楚师便大举西进。
楚威王元年至十一年（公元前339年—329年）把兵锋指向巴国最后一道盐泉，很快攻占今重庆巫溪县、巫山、重庆奉节县一带，置为巫郡。至此，巴国三大盐泉已尽失于楚，巴国也失去主要的经济来源。楚军从枳邑出发西进，攻下江州东面唯一关吕——阳关，接着楚军很快全线西进，攻陷巴国国都江州（重庆渝中区）及其北的陪都垫江（重庆合川区），并进入云南和四川西南部。故《史记·秦本纪》曰:“楚南有巴渝，过江南有黔中、巫郡。”
灭亡
公元前319年冬，巴国和苴国联合，巴国欲灭充国。而蜀国和充国结盟，两国抵御巴国。巴国在公元前318年灭掉了充国，随即又被蜀国击败。苴国向秦国求救，秦惠文王派着名谋臣张仪、大夫司马错、都尉墨獾等领三十万大军入川援助苴国，秦国在公元前316年春灭掉了苴、蜀两国，同年，秦顺手灭掉了巴国，统一了四川盆地，获得了安定的后方经济环境和优势战略地带，为日后扩张进攻楚国打下了基础。
前1122年—前316年
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