虽然苏松等府县小麦并不是主要的粮食作物，但是之前稻麦轮作在东南各府县都是非常普遍的。
王锡爵就在上疏中称：“臣乡种 田，多在夏至后，秋尽而收，种麦多在立冬后，至夏至而收。中秋前下麦子于高地，获稻毕，移秧于田，使备秋气，虽遇霖雨妨场功，过小雪以种无伤也。”
稻麦轮作原本在东南的各府县是非常正常的事情，但是由于棉花播种面积的增加，稻麦轮作就不可避免的收到影响，因为小麦不可以和棉花轮作，麦棉轮作之所以较少，主要是种麦耗地力太大，影响棉花产量，松江府的奏疏中就说的很明确，松江府的奏疏中称：“凡田，来年拟种稻者，可种麦；拟棉者，勿种也。若人稠地狭，万不得已，可种大麦或稞麦，仍以粪壅力补之，决不可种小麦。”
在这种情况之下，棉花的播种面积上升不仅是压缩了水稻的产量，还会减少轮作小麦的面积的产量，据苏州等六府的统计，小麦轮作的面积比之国初减少了一百七十万亩。
根据东南州府的上疏，现在本地出产的粮食已经是远远不足以满足当地百姓的需求了，以嘉定县为例，由于土地不宜于种稻，唯种木棉，所以也只得以花织布，以布贸银，以银籴米，以米兑军，运他邑之粟充本县之粮，东南的州县官员和东南出身的官员们认为，造成东南粮食紧缺的原因是是朝廷在东南征收的漕粮等。
朱载坖就知道他们会拿此事来说事的，他们认为仅以苏、松等5府所征夏税秋粮米麦除存留供本地使用外，每年起运南、北二京及淮安、徐州诸仓本色粮共为382万石，以最低费用3石计，共需本色粮1528万余石。再加上存留粮约256万石，实际赋税支出高达1784万石。
在之前，由于苏松等府县主要是种植水稻等粮食作物，尚且能够支应，现在由于大量的种植棉花，苏松等地的粮食产量不足，前首辅徐阶、阁臣严讷也给朱载坖上密疏，陈述现在苏松等地的重赋情况，他们以华亭县一户自耕农为例说明苏松等地的重赋。
松江府华亭县的一户人家，有成熟田十四亩，山地十六亩余，算是个小地主，应纳本色平米十二石有奇，细布一匹有半，准平米二石五斗有奇。除正税一石六斗二升外，该加耗十二石九斗有奇。以算法计之，是正税一石而征八石有奇。
徐阶、严讷等认为，加耗实在是太多，对于百姓来说实在是难以负担，希望朱载坖在苏松等地推行田赋的改折，以减轻百姓的负担。
朱载坖于是召集六部九卿和所有相关的臣子，商量此事，对于现在东南出现的粮食紧缺的情况，有一些官员认为之所以造成这种情况，主要还是这些 府县的百姓舍本逐末导致的，要是他们还像以前那样种植粮食，是绝对能够缴纳朝廷的赋税的，所以要让百姓们回归本业，去种植粮食。
对于这种言论，朱载坖只能表示你他娘的真是个人才，人家改稻为桑，你准备改桑为稻是吧？官府直接通过行政命令干涉百姓的生产，这是朱载坖认为最愚蠢的事情了，没有之一，一帮四体不勤五谷不分的官老爷，去教百姓该怎么种田，该种什么，这是多滑稽的事情。
朱载坖当即将出这个主意的官员予以训斥了，这些主意纯属馊主意，从三皇五帝以来，也没有那个皇帝去教育百姓要种些什么，这不是愚蠢至极的办法吗？朱载坖坚决不能答应这种错误的主意。
朱载坖认为百姓要种植什么，那是百姓的自由，官府去强行要求百姓种什么，那是极为愚蠢的事情，对于东南现在面临的窘境，无非就是当地百姓因为种植棉花等的收益比粮食高，故而愿意种植棉花，对于百姓来说，哪里想得到什么这么大的事情，什么朝廷的漕粮、九边的军粮，这些都不是升斗小民应该考虑的事情，对于他们来说，什么挣钱多就种什么，这是自然的道理。
现在的问题就是朝廷在苏松等地本来是征收漕粮，用以供给京师的，现在由于苏松等地的粮食减产，苏松本地为了保证朝廷的漕粮，不得已大量的购买湖广的粮食，不仅供本地区食用，还将之缴纳为朝廷的漕粮，这已经是公开的事情了。
徐阶在密疏中就说道：“江、广之米不特浙属藉以济运，即苏属亦望为续命之膏。”可见江西、湖广的粮食现在对于苏松有多重要。
但是对于朝廷来说，漕粮也是非常重要的，这是保障北方边镇军粮，京师官员士卒所用的，绝对不能减少的。同时为什么苏松愿意改折，是全国改折呼声最大的地方，因为苏松由于海上贸易的发达，银两大量的涌入，改折银两，对于他们来说是最为有利的。
有些官员认为应该提高苏松地区田赋改折的比例，加重苏松的赋税，对于这种说法，朱载坖予以否定，朱载坖认为，不要把所有的赋税都往百姓上加，尤其是往农民头上加。
朱载坖认为，苏松等地，商贸兴盛，经济繁荣，赋税的重头戏应该是工商业，苏松的棉纺织业、还有货运等项目，都要制定详细的增税细则，应该向工场主征税，而不是向农民征税。
朱载坖要求户部和浙江、南直隶的地方官，还有提督海关衙门等商量出一个对于这些行业征税的办法，还有就是漕粮的解决，现在显然是要用江西、湖广粮食替代原本加在苏松头上的粮食。
东南州县想把漕粮这个包袱甩给湖广和江西，在朱载坖看来是想都别想，虽然这些粮食产自于湖广、江西，但是最终还是要东南来买单才行。
朱载坖向臣子们解释了自己的想法，他说道：“天之道，损有余而补不足，苏松富庶，国家财政所倚仗也，湖广、江西，不可等量齐观也。”
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