朱载坖在收到徐渭奏疏之后，立即召见了内阁辅臣，练兵军务处的参赞军务大臣、户部、兵部、礼部、理藩院的堂官，朱载坖将徐渭的奏疏给诸位重臣们看过之后，就要商量应该怎么处理此事了。
如果织田信长死了，对于倭国的政局来说将会是一次天翻地覆的改变，大明朝廷必须要做好准备，张居正的看法很简单，必须将倭国王室给控制住，一旦倭国王室被一些有心人给控制了的，对于朝廷来说，就将会十分的被动，对于朝廷来说，应该想办法将倭国王室给控制住，以免落入他人之手。
这个看法朱载坖认为确实是很有道理的，万一倭国有曹操这样的人物，控制倭国国王，然后和大明作对，那就麻烦了，所以必须要将倭国王室予以控制住。
但是问题是现在官军在倭国的位置是越后、甲斐两国，距离倭国王室所在的京都还是有一些距离的，朝廷不可能无缘无故的就向倭国京都派兵的，这是会引起倭国内部对于大明的反感的，这点也是不得不考虑的，毕竟在名义上倭国还是大明的属国，要是大明无端出兵，去控制王室，恐怕不太好说的过去。
戚继光认为，应当集结在倭国的精骑，屯兵于离倭国京都最近的地方，一旦倭国有变，立即发兵京都，以备不测，具体的情况，由安东都护府自己随机掌握，朱载坖也同意了这个方案，要求安东都护府集结精骑，准备应对倭国可能出现的内乱，同时寻机夺取石见银山。
朱载坖在处理倭国的事情之后，开始思考内廷的事情了，自从黄锦以司礼监掌印兼提督东厂以来，司礼监的权力极大，远远超过了御马监，所以在黄锦去位之后，朱载坖没有任命冯保为司礼监掌印，而是令他以司礼监秉笔的身份提督东厂，司礼监掌印空缺，内廷的太监们为此事明争暗斗，但是朱载坖一直没有反应，但是现在朱载坖准备整顿内廷了，因为冯保执掌东厂时间已经不短了。
朱载坖于是命令，将原司礼监秉笔，南京内守备太监刘忠调回京师，担任提督东厂，冯保升任司礼监掌印，成为名副其实的内相，内官少监陈矩，调任御马监太监，御用监太监腾祥升任司礼监秉笔，尚膳监太监孟冲调御用监太监，对于朱载坖突如其来的调整内廷，很多官员有些看不懂。
但是熟知内情的人确实看出了一点端倪，朱载坖这次任命冯保卫司礼监掌印，看似是将冯保予以提拔了，但是实际上冯保虽然成为了内相，但是丧失了提督东厂的大权，东厂由朱载坖在裕王府的贴身太监刘忠管理，这其中的奥妙就很微妙了。
很多人认为是锦衣亲军都指挥使陆绎打了冯保的小报告，因为陆绎一直想恢复其父陆炳在世时锦衣卫的强势，当年陆炳任缇帅的时候，锦衣卫远远强于东厂，陆绎担任缇帅之后，也一直大力整顿锦衣亲军内部，和东厂在很多事情上起了冲突，陆绎和冯保的关系是极为紧张的。
所以很多人认为这些冯保北明升暗降，应该就是陆绎出手的，毕竟陆家深受两代帝王信任，陆炳就极受世宗皇帝信任，陆绎更是朱载坖的潜邸旧臣，陆绎向朱载坖打小报告，把冯保搬走，这种事情是很正常的。
事实上，这种猜测也是有道理，一直以来，陆绎和冯保都在互相攻讦，两人都经常打对方的小报告，但是朱载坖认为这没什么大不了的，厂卫之间的斗争并不是坏事，但是朱载坖这次之所以突然将冯保从东厂的位置上调走，主要是因为锦衣亲军发现了冯保和张居正之间的关系，他们两人最后有些走的过于近了，尤其是冯保还掌握着东厂这样的特务机构，朱载坖就不得不加以防备和敲打了。
所以朱载坖果断采取措施，将冯保从提督东厂的位置上调开。
而此时的冯保，面对着太监们的恭维，虽然满面春风，但是内心并不开心，虽然自己坐上了司礼监掌印的位置，算是名副其实的内相了，但是并没有和之前的黄锦一样，以司礼监掌印的身份提督东厂，说明什么，说明朱载坖对他没有像世宗皇帝信任黄锦那样的信任，虽然司礼监掌印的地位极高，但是提督东厂也是太监中的实权部门，甚至比之御马监更加重要。
朱载坖将远在南京的刘忠调回来担任提督东厂，说明什么？说明朱载坖对于现在宫内的太监不是很满意，所以才要启用潜邸旧臣，刘忠虽然能力一般，但是和朱载坖的关系匪浅，而且和皇太后、皇后的关系也不一般，一旦他回到朱载坖的身边，对自己的地位是个极大的威胁。
冯保感受到了危机，一直以来，冯保都仗着朱载坖的信重，对于宫内的大太监不屑一顾，他和腾祥、孟冲的关系极差，和李芳的关系也谈不上好，而刘忠和滕祥都是同在朱载坖潜邸共事的人，一旦刘忠回来和滕祥联手，对于冯保来说可就不妙了。
而在自己府邸的张居正，也在紧张的思考此事，他是很了解朱载坖的，朱载坖从不做无目的的事情，突然对于内廷的调整，肯定是有原因的，外间所传闻的厂卫内斗，张居正认为没有这么简单，陆绎和冯保之间的攻讦也不是一天两天了，为什么朱载坖现在突然处理冯保？
就算是陆绎打的小报告，陆绎向朱载坖告知了什么情况？这才是关键的问题。
朱载坖的行为如同在京师的水面上投下一个石子，荡起的涟漪不断的向外扩散。
不过冯保面上并没有什么变化，仍旧在朱载坖身边伺候，朱载坖决定找个机会敲打他一下，让他明白有些事情是不能做的。
同时，遵照朱载坖的命令，锦衣亲军将冯保的亲信，在冯保和张居正之间牵线搭桥的锦衣亲军指挥佥事徐爵下南镇抚司严审。
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