朱载坖的这个想法，得到了五军都督府的支持，五军都督府现在没有权力，除了兵部对于五军都督府的权力侵夺之外，五军都督府对于在外的都司卫所缺乏有效的监督管理也是一个重要的问题，这次朱载坖就要解决这个问题，用行都督府加强对于地方都司卫所的管理。
行都督府主要负责对于卫所军籍、人员、脱产军士训练等方面的监察，同时应当袭职的卫所军官由行都督府集中起来送两京各相应的军事学院，还有各卫所卫学的管理，除了将这些卫所世袭军官送军事学院进行培训之外，还要从卫学中考选军事学院学员，凡士卒子弟，照太祖朝旧例，年满八岁就要送各卫所卫学中学习，在卫学中学习之后，可以参加朝廷科举，也可以参加各军事学院的考选，要专门给普通士卒子弟留出相应的名额，而行都督府则负责对于这些考生的初选，并且负责将合格的考生送两京军事学院参加考试。
同时各军事学院毕业的学员，也要由各行都督府和都督府来进行分配，首先就是由各行都督府查明所辖各都督府所缺员额，然后上陈都督府，由都督府和兵部一道确定各都司卫所分配的军官数量。
按照朱载坖的要求，首先就是要满足各沿边沿海都司和各都司的脱产士卒的军官需求，还有镇协官军的基层军官，也都要从这里来，而初级军事学院所教授的也主要是带兵练兵的办法，同时以军官自身的军事素质作为主要的培训方向，受训的各科学员要在学院全面掌握本兵种的各项技能和训练方法，考核的时候也以军事素养为主。
由于炮兵等学科需要学员有一定的算学功底，所以还要想方设法的在卫学中增加算学的老师，培养炮兵军官。
行都督府的主要职能就在于对于各都司卫所进行监察，不管是卫所士卒的屯田还是脱产士卒的训练等事项，都是各行都督府的主要监察对象，尤其是对于卫所军屯籽粒的征收，转运等项目，都是行都督府的重点，按照朱载坖的诏令，军屯、民田统一科则，降低军屯籽粒的征收。
同时各都司卫所要对于军屯要进行清丈，朱载坖之前一直没有清丈，就是因为这其中所牵涉的利益实在是错综复杂，即便朱载坖是皇帝，要想触碰这个利益团体也是要非常小心谨慎的，所以朱载坖为此是做了充分的准备之后才决定对于军屯进行整理。
而且这次对于军屯的清丈和以往是不同的，作为对于士卒们的优待，朱载坖之前就颁布了诏令，镇协官军士卒可以免征五十亩，而卫所脱产士卒免征三十亩，但是实际情况是很多地方根本无法落实，大量的军屯都被侵占了，所以朱载坖这次清丈田亩，首先就是要兑现自己的承诺。
朱载坖命令各都司卫所在清丈军屯的时候，首先要将镇协官军和卫所脱产士卒的免税土地予以保障，兑现朱载坖有关优待士卒的诏书，先将官军士卒予以安抚下来，朱载坖很清楚，只有将他们安抚下来，才能够保证军屯的清丈能够顺利进行。
然后就是对于军屯实有数字和卫所军籍同步清丈，卫所有多少士卒、军余子弟，由多少屯田，应该征收多少籽粒，都要弄明白，搞清楚，军屯中还要一个比较麻烦的事情，就是民佃屯田，之前由于卫所军士逃亡，大量的军屯土地撂荒，当时为了保障军屯籽粒的征收，朝廷允许各卫所讲自己麾下的军屯土地租佃给民间的百姓，也就是所谓的民佃屯田。
以山西都司为例，民佃屯牧等地总额为1987顷72亩1分。其中，屯地1512顷28亩5分，牛具地475顷43亩6分，每年要向朝廷缴纳屯粮4171石7斗6升5合，牛具银472元5钱5分1厘。而整个山西都司的总屯田数量是顷，民佃屯田约占二十分之一，这还是因为山西都司是在九边重镇，士卒逃亡相对比较少，而在南方的卫所，民佃屯田就更多，看似民佃屯田是补充军屯的措施，但是实际上是一种对于军屯的变相侵占。
地方豪强与便与卫所官员相勾结，大量请佃屯田，实际上成为地主，然后再把请佃到手的屯田转租给贫苦佃户，强迫佃户交纳数倍于军屯籽粒的地租，从而坐收租利，大发横财。更有甚者，他们与卫所以及屯仓的官员狼狈为奸，弄虚作假，冒名顶替，逃纳屯粮。享军之产，无军之粮。而这些逃纳的屯粮，最后又由卫所军官们巧立名目，全部转嫁到了在册的屯田军户名下，因而极大地加重了在册屯田军户的负担。
原大理少卿林希元在世宗朝就曾经上疏陈述过此事：“甘于佃耕人田（指地主之田），不肯承种官田（指卫所屯田）。”
而这些地方豪强和与都司卫所官员相互勾结，将原本属于朝廷，并且应当分配给士卒们耕种的军屯土地，逐渐转化为可以继承和买卖的“私田”的。军屯失额，直接导致了卫所的崩溃，这点朱载坖是很清楚，朱载坖要做的就是将土地分配给卫所军士，朱载坖很明白，朝廷想要有一支强大的官军，士卒就必须有良好的待遇，这点是很清楚的。
朱载坖对在场的重臣们说道：“古人言天下虽安，忘战必危。今承平日久，武备废弛，文吏钳制将弁，不啻奴隶。夫平日既不能养其精锐之气，临敌何以责其折冲之勇？卫所系天下之安，朝廷之重，岂可轻视？”
朱载坖要求对于卫所军官和军屯同时动手，清丈田亩，同时要求各州县和卫所详细界定军屯与民田的范围，重申军屯土地不能买卖的性质，要求各级卫所军官限期将自己所侵占的土地吐出来，否则的话等到被朝廷查出来，必加以严惩。朱载坖的诏书下达之后，立即引起了极大的反响。
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