等俞咨皋抵达京师之后，朱载坖第一时间召见了他，朱载坖向俞咨皋询问其对于水师建设的看法，俞咨皋认为官军水师现在还是相对缺乏训练和实战经验，尤其是炮术训练和舰队编队训练，这都是官军水师所缺乏，要想震慑西夷三国，必须对官军水师痛加整训才行。
俞咨皋很清楚，西洋现在混战不已，水师又是西洋各国最重视的兵种，他们对于水师还是十分之重视的，也具备相当的海战经验，所以朝廷要想用水师震慑住这些西洋人，就需要将水师严加训练，才能够将这些西洋人予以震慑，这点朱载坖还是很清楚的。
所以朱载坖同意了俞咨皋的建议，决定对于水师大加训练，同时家那个北洋、东海、南洋三支远洋水师中的大型舰船极重起来训练，以俞咨皋为水师练兵大臣，总领水师训练一事，毛海峰为水师练兵提督，负责督促水师训练，毛海峰当了半辈子海盗，实战经验还是非常之丰富的，要督促水师训练，同时还要制造改进后的船只，火炮等，装备水师，尤其是要加强水师的炮术和编队作战水平，要能够震慑住西洋，有利于朝廷对于西洋的调停顺利进行。
同时也要严整军容，狠狠的震慑一下西洋，而襄国公李成梁也向朱载坖上疏，详细陈述了自己对于西域作战的看法，在朱载坖先北后南，缓进急战的思想指导下，李成梁认为，由于西域广大，而且多荒漠、戈壁，所以朝廷对于西域的经略，也要有不一样的地方。
对于此战的难点，李成梁认为还是怎么找到和抓住瓦剌人的主力，因为现在在西域对大明构成主要威胁的还是瓦剌部，所以朝廷的主要打击对象应该还是瓦剌，但是经过李成梁对于现在西域蒙古人的情况有了一点了解之后，李成梁认为要多路出击，同时并举，一句夺取天山北路的绿洲和草场，然后在稳定北方之后，在南下。
李成梁要求朝廷集中十五万大军，其中骑兵不少于八万，才能够达成目的，对于李成梁所要求的兵马，朱载坖予以同意了，要求兵部、五军都督府和练兵军务处满足李成梁的要求，相机进剿，由于西域和京师相隔太远，现在直道还没有修通，所以朱载坖认为吴兑为兵部尚书兼经略西域、安西大都护，负责朝廷的经略西域事务，李成梁总领战事，相机战守，吴兑要保障军需，安抚后方，建立大明在西域的统治机构。
同时命令陕西、甘肃、宁夏等布政使司和都司要保障李成梁部的军需，拜李成梁为征西大将军兼安西都护府副都护，朱载坖再给李成梁的密旨当中要求李成梁要主动抓住机会，自行决定战守之策，事后向朱载坖奏报即可，同时对于蒙古诸部要加以笼络，该招抚的也要予以招抚，真正要防范的是色目人，对于所谓的色目人、维吾尔人，敢有反抗的，要予以严厉镇压，绝不手软。
同时朱载坖在给吴兑的上谕中明确要求吴兑，复汉唐往昔之土，振国威于西极，要将西域的很多地名改为当年汉唐时的地名，以宣示大明对于西域的主权。
除了此事之外，对于大明现在的各项改革措施，朱载坖也是极为重视的，最重要的自然是税务总署的改革和工商赋税的征收了，朱载坖原本打算认为沈季文为提督税务总署，但是他的品级和资历实在是太低了，在首辅张四维的推荐之下，朱载坖升南京户部左侍郎赵世卿为户部尚书提督税务总署，沈季文升户部右侍郎协理税务总署，将朝廷的赋税征收予以正规化。
朱载坖对于此事还是十分重视的，毕竟关系到朝廷的赋税，朱载坖不仅亲自召见赵世卿、沈季文，面授机宜，要他们执行上意，同时要地方府县各自编列自己的预算，送户部审核之后予以施行，朱载坖特别指令户部尚书梁梦龙和总督仓场杨俊民，要严格审核地方的预算，尤其是这些赋税多的州府，不得浪费朝廷的国帑，尤其是苏松、广州、杭州等府县的预算，要严格予以控制，保证朝廷的赋税征收。
对于对于赋税少，相对贫瘠的地方，朝廷也要适当增加预算，支持他们的基础设施建设，尤其是直道的建设。之前工部尚书潘季驯和提督交通总署葛镜向朱载坖上疏，呈报了对于大明水利和交通的有关计划，葛镜这次提出了一个大胆的方案，要在南京八卦洲上修建一座桥梁，同时要加强大明的直道建设。
对于在长江上修筑桥梁，葛镜也不但保证能够成功，但是他认为可以试试，此举遭到了一些官员的反对，因为这试一试就要朝廷百多万的国帑，这么试试的话，朝廷怎么吃得消，这不是拿国帑开玩笑吗？一些御史直接弹劾葛镜浪费国帑，但是朱载坖还是选择支持了葛镜的想法，不试一试，怎么知道现在大明的技术水平到底如何呢？朱载坖同意的葛镜的看法，同时调动武功都指挥使司配合交通总署，尝试在长江上修建桥梁。
除此之外，工部还提交了修筑开封经由灵宝到西安，南京到武昌的直道等一系列的直道修筑计划，还有对于关中的水利设施予以修复，重振关中的农业，保证朝廷在西北的粮食供应问题，这些也都得到了朱载坖的批准，朝廷都要将这些大型工程逐年编列计划，投入巨资在水利和交通上。
朱载坖还命令刑部律例馆，修订有关偷逃税款的相关律条，对于偷税漏税，予以严厉打击，将偷税等犯罪，列入真犯死罪之中，同时严格追赃制度，确保朝廷对于赋税的控制。
在首辅张四维的奏请之下，隆庆二十四年还要举行大计，对于内外官员予以考察升黜，这也是张四维任首辅以来的第一次大计。
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